Las aplicaciones utilizan el hardware de la computadora a través del kernel. De esta menera no es necesario escribir código específico para las diferentes arquitecturas.
Actualmente, Linux ejecuta miles de aplicaciones, la mayoría de libre distribución y algunas comerciales. El rendimiento y la funcionalidad de ellas es semejante (y en ocasiones superior) a las existentes para otros sistemas operativos como Microsoft Windows o Apple MacOS/X.